晴朗时节，江户川柯南（高山南 声音表演）和毛利小五郎（小山力也 声音表演）、小兰（山崎和佳奈 声音表演）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 声音表演）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 声音表演）、阿笠博士（绪方贤一 声音表演）、服部平次（堀川亮 声音表演）以及远山和叶（宫村优子 声音表演）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…这部动漫的故事情节十分吸引人，值得一看！
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