正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子(坂本真绫 配音)突然接到巴特(松田健一郎 配音)的报告,西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击,政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下,九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作,将恐怖分子彻底制服,但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时,远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨(新垣樽助 配音)传唤水坝管理企业负责人沙特博士,对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压,陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面,草薙一方得知恐怖分子的真实身份,正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起,其背后隐藏怎样的真相?
本片根据士郎正宗的原作改编,为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。
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